●太平天国对于清朝的衰亡具有极为明显的深远影响，因此，理应放在清史重要的位置上给以足够丰富的客观陈述
清史自然应以清朝为叙事主体，但清史不应简化为清朝政府史，更不应回归为帝王将相史。清史是清朝统治期间中国社会的整体历史，理应包括中国社会发展变化过程中的基本脉络与全部内容。太平天国是清朝，也是中国历史上规模最大且水平最高的一次农民战争，对于清朝的衰亡具有极为明显的深远影响，因此理应放在重要的位置上给以足够丰富的客观陈述。如果把叙事主体误解为编纂者的立场与视角，那就会混同于《平定粤寇纪略》，当然也不能疏离清史编纂体例，写成独立的太平天国史。
但是，由于太平天国从一开始就有推翻清朝并建立自己国家的奋斗目标，永安期间已有政权雏形，定都天京以后更具完备的国家形态，这就带来若干令人困惑的问题。很明显，太平天国与清王朝之间是你死我活的争夺中国完整统治权斗争，因此不可能存在相对稳定的“一国两治”，即两个敌对政权之间的长期共存，哪怕是短暂的存在。同时，清朝与太平天国对中国疆域的认知基本上是相同的，而且所追求的又都是独立统治全中国，因此又不可理解为两个中国。再则就是清朝与太平天国时间统治的地区往往是犬牙交错，你中有我，我中有你，加以双方战线很长，流动性更大，很难形成较清晰的政治版图具体印象。所有这些，都增添了不少陈述与判断的困难。对于这些困惑问题的理解，虽然不必写进主体清史，但可能仍需作必要的讨论与澄清，以利于编纂工作的总体把握。
●对于太平天国的功过应作实事求是的客观陈述，既不必溢美，更不宜苛求
王船山曾经说过:“论人之衡有三:正邪也，是非也，功罪也。”此三衡亦适用于太平天国，这里着重说说太平天国的是非功过。
是非能上历史台面的都是大是大非。就大是大非而言，问题非常清晰，即所谓“造反有理”。实际上也并非所有的造反都有理，要看是造谁的反。清季咸同年间，统治者愈益走向昏庸，对外难以抗御列强入侵，对内横征暴敛，激发民怨沸腾。太平天国从总体来说仍属“官逼民反”，实乃民族矛盾与社会矛盾交相激化的结果。民众奋起反抗清朝的暴虐统治，仅此一点即可肯定其为“是”。
但是功过则相对难言。其所以难，是由于历史记忆从来不利于失败者，“成者为王，败者为寇”，失败者被妖魔化乃是常见的共同结局。就太平天国而言，虽然较优胜于历次失败的农民战争，既有自身大量文献的遗存，又不乏若干比较客观乃至有所同情的客观论述。加以孙中山从一开始就把洪杨革命看作自己的前驱，所以，民国时期对于太平天国史料的搜求与研究亦有显著的成效。然而，从有关太平天国的历史文献总体而言，仍然是负面论述占绝大部分，正面论述占小部分；而正面论述之稍具体且可作为论述依据者，尤属凤毛麟角。这就给我们进行功过判断带来较大困难。
