在西南联大这几年是吴讷孙一生中最值得留恋的时光，在这里他成长为一位智识上体魄上都成熟的青年。昆明也是他最喜爱的中国城市，曾有一度她还打算死后将一半的骨灰埋在昆明。联大时的吴讷孙爱种花，特别喜欢种竹子和菜。喜欢唱歌也作歌。他还参加了学校的排球队，代表学校参加比赛。他是爱思考的人，经常思索人类前途及人生岁月。在战时能够上大学是多不容易的事，因此他有一种严肃的责任意识，立大志向，要解决世界大事。当时因为对世界的未来没有明确看法，想不出有什么理由把新生命领入这世间来，所以打定主意不结婚了。（《市廛居》P.28）有时对某些问题苦思不得其解，只好去请教哲学系的教授冯友兰，冯笑着说：“你想得太辛苦了，去运动运动吧！”
吴讷孙原先念燕京大学生物系。到了昆明先是不分系，在校友会的资料中有一时期还把他算在了哲学系里，而吴却自以为仍在生物系，他只是旁听了两门冯友兰与冯柳漪的哲学史。后来他接到了父亲的来信，那时父亲已调至海参崴，要求他学习国际公法，将来与父亲一样入外交界。吴讷孙便又旁听了政治系的外交史。（《市廛居》P.257）
联大的大一英语教学延续清华的方法，分小组教学，每组廿人左右，共分十六组。钱钟书在一九三八年十月抵联大，在外交系开三门课，吴讷孙的大一英文就分在钱钟书组。吴讷孙的表现，特别得到钱钟书的注意与鼓励。（《市廛居》P. 295，《忏情书》P. 226）钱钟书在联大的时间很短，一九三九年十月离开了昆明。吴讷孙对钱钟书的学问佩服不已，在一九九一年还托人将《未央歌》转交给钱钟书。
读大二时吴讷孙对文学发生了很大的兴趣。他的写作习惯是从那时开始，每天平均总得写好几千字，在联合大学没有先生督促，朋友之间彼此喜欢他的作品他就不断的写。这些文稿，保存了满满一箱子，内容都是和昆明的学生生活有关的。每一本约两百页，字写得很小，有些是日记、短篇、或幻想故事，有些是诗，也有歌，其中有一本后来以《忏情书》之名在台发行。（《市廛居》P.292）当时上海有一本极走红的综合性杂志《西风》，于一九三九年刊出了征文的消息，题目是《我的——》。（《市廛居》P. 293）吴讷孙投了三篇，其中一篇是《我的妻子》，杂志社给加了副标题＜结婚第一年＞，文章在六百八十五名参选者中被评为了第八名。这次的征文是他在文坛上第一次崭露头角。值得一提的是，张爱玲也投了文章，拿到了名誉奖的第三名（第十三名）。
