一九三九年秋，战争弥漫欧洲，其父下任后在伦敦写书，由于德国飞机的疲劳轰炸，其父便带着家眷回到香港。于是吴讷孙便又休学去香港省亲，当面向父亲恳请准他入文学院。这次会面有个小插曲，吴父看到了那片征文，问他“什么时候结的婚？”吴讷孙才知道某些事情是不能随便乱写的。
抗战时沦陷地区来的大学生多要打工，否则凭每月七元的贷金（后来增加到廿多元，但校内包伙就要十余元）是在无法维持生活及学业开销。除了写文章，吴讷孙三年级时考入了昆明广播电台，据说这个电台性能是抗战后方最高的。他打工兼做播音员，播记录新闻是主要工作。夜晚二时到四时把重要新闻播送到敌后地下工作人的各基地，供他们编报纸用。那一阵他和几个同学学着编写小节目，当时吴讷孙的家人从欧洲来香港，便常听他在无线电上的表演。（《市廛居》P.313）
一九四二年，他由外文系毕业，（《市廛居》P.257）留校任助教。一九四四年的春天，父亲一再来函催促出国留学，信中说：这个时候不出去，将来再学外国文的成绩就不会太好。父亲严命报考教育部第一届自费留学，吴讷孙考取了第十七名。那时出国不是件容易的事，留学考试过了，还得到战时陪都重庆受一段时期的训，吴讷孙辞了助教职前往重庆。在等着出国留学那两三个月，他住在一位父执辈的家中。忽然有了一段没有着落的空闲日子，他便兴起了写一本小说的念头。朋友们听了都为他准备纸、笔和墨水，那时最感缺乏的是纸，朋友想方设法找到了一种很好的纸（《未央歌》“谢辞”中曾提到说感动得要落泪）。钢笔的蓝墨水不够用了，他就加了水调稀了好用得久一点。为了躲警报，于是每天到后面的山洞里去写。
在吴讷孙的回忆中大学岁月有一股“活泼、自信、企望、矜持”的乐观情调，是个黄金似的美好，身心发育时的生活。可以解释何以《未央歌》中的西南联大，会呈现出一种世外桃源般的情调。虽说时间是抗战时期，这本以西南联大为背景的书真正要写的是友情。他认为人生就在少年时期，能让男孩和女孩忘却掉性别的差异，成为至交好友。这个时期一过，就要陷入了礼教的规范，不再有体会这种人间美丽情谊的机会。
常有人批评，《未央歌》与时代脱了节，在抗战那样的背景下，漫天烽火，怎么可能有如清纯的生活呢？其实日机疲劳轰炸昆明是从一九四零年开始，在这之前昆明受战争影响其实不大，而校园生活与外界其实是有段区隔的。就以学生伙食而言，也未必如某些人的回忆都是些花生米、白菜、八宝饭。吴讷孙认为，当时的苦难是众所周知的，不需要特别强调，“否则这么一本以情调风格来谈人生理想的书为通货膨胀记起流水账来，文字还干净得了么？人物性情还能明爽么？昆明的阳光还会耀眼么？云南的风雨还能洗脱欣赏无名的忧伤么？”他一贯的态度是“我以为中国人最高的人生哲学，在最艰难的环境里，也绝不轻易承认失败，还要露出笑脸来表示，我们乐观得忘了愁苦，健康得忘了创伤。经人提起时再回头查看，愁苦的经验早已无影无踪，创伤早已平复了。于是又高高兴兴地去忙，去向更高的理想奔走。什么事都不难。”有人问为什么把人写的这样，天下那有这样多的好人。他说：“你是欣赏文学还是看电影？”
